①日本にいる関係先に在留資格認定証明書交付申請をしてもらう
在留資格認定証明書とは、それぞれのビザ（在留資格）の基準にかなっているかを、事前に日本の出入国在留管理局でチェックしてもらい、その結果、要件を満たしていることを証明するための書類です。
この証明書を申請する申請者の外国人は、まだ外国にいてるため、この申請は誰かにお願いしなければなりません。
就労ビザの申請であれば、その方を雇用する日本の会社が申請代理します。
配偶者ビザであれば、日本人の配偶者が、申請代理します。
というように、日本にいる関係者である誰かに代理して申請してもらうことになります。
②在留資格認定証明書が発行されたら、その外国人に送付する
この証明書が発行されましたら、その証明書を当該外国人に送付します。
必ず追跡ができる、安全な方法で郵送してください。
③在留資格認定証明書・その他の必要資料を、在外日本大使館・領事館に提出し、査証申請をする
在留資格認定証明書とパスポートだけでは、日本に入国することができません。そのパスポートに、在外公館で査証を発給してもらわなければいけません。必要書類は、各在外領事館にて事前に確認する必要がありますが、通常、在留資格認定証明書・パスポート・身分証明書などが求められ、それら書類を提出しますと、通常問題なく査証は発行されます。
④日本に入国する
パスポートに必要な査証を受けたら、いよいよ日本に入国するための準備が整ったことになります。
在留資格認定証明書とパスポートをもって、多くの場合、日本の空港にて入国審査を通過することになります。在留資格認定証明書とパスポートに査証をうけていることが、最も重要ですが、これをクリアしていれば、普通はパスすることができます。
まとめ
日本に中長期滞在するためには、ビザが必要です。ビザといいますと、その国の大使館や領事館で申請するものとされていますが、実務上は、「在留資格認定証明書」制度が採用されており、在留資格認定証明書を先にとりつけてから、査証を申請するという流れになります。
なぜこのような２段階のシステムになっているかということですが、外国人の在留にかかる諸手続きを所管する省庁は、外務省ではなく、法務省の出入国在留管理局だから、です。
外務省管轄の大使館や領事館では、あくまで査証を発給するだけの事務を行い、在留資格にかかる実務は行いません。
大使館にいきなり、ビザ申請の書類を全部出したところで（受け取ってもらえないとは思いますが）、在留資格の審査をするのは、法務省の入管ですから、仮にそうしたところで、日本の入管にそれら資料を郵送しなければならない…なんてことになります。
そのため、事前に日本の関係先に（関係先が全くないのに、日本のビザを申請することは通常あり得ないです）、証明書申請を代理申請することが認められています。
さらに、それら関係先が、行政書士などに書類作成業務、申請業務をさらに依頼することができるわけです。
